故事發(fā)生在一所名叫第3新東京世立NERV學園中，校長是嚴肅又寡言的碇原度（立木文彥 配音）。作為校長的兒子，碇真嗣（緒方惠美 配音）感到壓力很大。于此同時，來自外國的紅發(fā)轉(zhuǎn)學生明日香（宮村優(yōu)子 配