圣誕之夜，卡森共和國(guó)水企業(yè)和哈里曼達(dá)拉公司簽訂協(xié)議的大廈門外，無(wú)數(shù)群眾聲討抗議。而就在此時(shí)，擔(dān)任護(hù)衛(wèi)的警察機(jī)動(dòng)部隊(duì)突然掏槍對(duì)示威群眾展開(kāi)無(wú)差別屠殺。血腥恐怖的事件背后，神秘病毒“火種”若隱若現(xiàn)。在與不明敵人對(duì)決過(guò)程中，草薙素子（坂本真綾暫無(wú)內(nèi)容配音）和獨(dú)立機(jī)動(dòng)部隊(duì)的同伴們救下了全身義體的少女津田艾瑪（茅野愛(ài)衣暫無(wú)內(nèi)容配音），其身上似乎隱藏著利用虛擬記憶進(jìn)行恐怖活動(dòng)的事實(shí)。公安9課課長(zhǎng)荒卷大輔（塾一久暫無(wú)內(nèi)容配音）拒絕將其交給陸軍情報(bào)部穗積上校（慶長(zhǎng)佑香暫無(wú)內(nèi)容配音），而是命令草薙將艾瑪護(hù)送至501機(jī)關(guān)接受調(diào)查。草薙在少女身上不僅發(fā)現(xiàn)兩個(gè)靈魂的存在，更觸摸到了被官方、軍方可以隱藏的悲慘真相……